Ngôi chùa được đặt tên là Thanh Thủy (Kiyomizu: dòng nước trong) bởi do vị trí tọa lạc của nó gần một dòng nước trong xanh từ núi Otowa chảy xuống. Ngôi chùa này do thầy Enchin (Viên Trân, 円珍, 814-891) thành lập vào năm 798 nhờ vào sự bảo trợ của Sakanoue no Tamuramaro (758-811), một vị tướng quân nổi tiếng của Nhật. Từ lúc xây dựng, chùa đã bị cháy rất nhiều lần và đến năm 1633 ngôi chùa đã được tái xây dựng. Ngôi chùa có rất nhiều di sản văn hóa quan trọng như cổng phía Tây, cổng Deva, tháp chuông, tháp ba tầng và đặc biệt là ngôi chính điện. Chùa được UNESCO công nhận là di sản văn hóa thế giới vào năm 1994.